Hortigüela es un lugar solariego que estuvo sometido al cenobio benedictino de San Pedro de Arlanza y a la Nobleza, aunque también se pagaban tributos al Rey.
Como topónimo hace referencia a huerta pequeña (ortezuela) del latín ortus, es decir huerto, aunque algunos creen que se refiere a las ortigas que crecen en el lugar, pero no parece apoyarse en documento alguno esta segunda teoría.
Históricamente, el término se usó en plural al principio. Las primeras referencias diplomáticas están en el libro Becerro de Arlanza, en el año 969 como consecuencia de una donación del presbítero Munio al Monasterio de San Pedro de Arlanza de todo su haber, incluyendo en la misma el término de Los Linares uno linare iusta ortum de comite (un linar junto al huerto del Conde), que si bien no hace referencia al topónimo, sí se refiere a un término del mismo.
Pero es en el 1052, cuando aparece el topónimo propiamente dicho, cuando en testamento Diego y Muño Álvarez y Momadona dan divisas (posesiones) de varios alfoces, incluyendo Ortaiolas (hortezuelas), es decir Hortigüelas. Vuelve a repetirse con una donación de Dª Aldovara a favor de Arlanza de tota meva hereditate in Ortaiolas (toda mi herencia en Hortigüelas). En el 1069 Sancho II otorga a Arlanza todo lo que posee en las tres villas de Hortigüela ( concedo in primis ab omni integritate omnem meam porcionem que habeo in toht tres villas Ortaiolas).
La tradición hace referencia a los siete Hortigüelas: Las Hazas, Barrio Peña, Trastorre o Testorre, Hntecha, San Millán, San Martín y Fuente Gadea. Hoy solo quedan vestigios en San Millán, y San Martín, (románico), en ruinas, y en Las Hazas, (romanos).
Lo cierto es que en el 1100 ya se usa en singular al señalar que los herederos y diviseros de Hortigüela, se obligan a no labrar los ejidos de dicho pueblo. En el siglo XIII vuelve a encontrarse en singular a propósito de la venta de una casa, según las fuentes del libro Becerro de Arlanza, como señala Luciano Serrano, Abad que fuera de Silos, en el Cartulario de San Pedro de Arlanza.
En el Libro de las Behetrías de Castilla, mandado hacer por Pedro I de Castilla y que se conserva en manuscrito del siglo XIV en la Real Chancillería de Valladolid, al hablar de los impuestos que debía pagar este lugar, al Rey, al Abad de Arlanza y al Conde Pedro Fernández de Velasco, Señor de Salas, aparece también en singular con el nombre de Ortiuela.
No obstante hay que señalar, que si bien hoy el Monasterio de San Pedro de Arlanza pertenece a Hortigüela, en sus orígenes fue al revés. Hortigüela eran las huertas del Conde Fernán González de las que parte fueron donadas al monasterio de Arlanza. Y no hay que olvidar que sobre Arlanza hay dos cartas fundacionales, del 12 de enero del 912, la primera por la que dotan al cenobio Fernán González y su esposa Sancha, y la segunda de Gonzalo Téllez y Flámula, al lado de Momadona y su hijo Ramiro, que, aunque pareciendo insostenibles estas fechas para Pérez de Urbel, son las reconocidas por los demás.
Solo después de la Desamortización cambió el sentido de la relación al desaparecer el poder político y religioso de los monjes y emerger el del Municipio. Analizando el poblamiento, y no atendiendo a la Diplomática sino a los restos arqueológicos, la existencia de Hortigüela es muy anterior. Así, los restos arqueológicos prehistóricos más antiguos que se conservan son dos construcciones megalíticas, en el término llamado Cueva la Mina, arrasados, en sendos altozanos que dominan el valle del Valparaíso. El uno mide 9 mts. de diámetro, aunque el túmulo está prácticamente desaparecido; el otro enterramiento está en una colina próxima. Otros yacimientos han sido hallados en Cueva Millán y en Cueva la Ermita (San Pelayo).
Como restos, ya históricos, los más antiguos pertenecen a la Villa romana, conservándose en el pueblo solo una columna con basa. La ermita de San Martín, del primer románico, sería la siguiente, teniendo en la cornisa ménsulas que son idénticas a las que tiene el Monasterio de San Pedro en la parte románica de la cabecera, por lo que parecen construcciones coetáneas. La de San Millán parece posterior.
Actualmente el pueblo está conformado a los pies de San Millán, y en torno a la ermita de san Roque, del siglo XVIII, y parroquia de la Asunción, de construcción gótica tardía en su nave central, siglos XV y XVI y con una nave adosada a modo de crucero, de los siglos XVI, XVII y XVIII.
No aparecen archivos parroquiales hasta el siglo XVIII.